Hệ phổ thông cơ sở: Nhà trường tuyển chọn học sinh có năng lực vào học từ lớp 6. Qua 4 năm các em được các thầy cô nâng cao năng lực học tập và đạo đức để có đủ khả năng thi vào lớp 10 trường THPT Hà Nội – Amsterdam.
Hệ phổ thông trung học: Học sinh vào lớp 10 phải trải qua kỳ thi tuyển nghiêm ngặt do Sở Giáo dụ và Đào tạo tổ chức. Lớp 10 có các hệ chuyên: Văn, Toán, Tin, Lý, Hoá , Sinh, Nga, Anh, Pháp. Các học sinh này phải học toàn diện và đạt yêu cầu khá giỏi ở tất cả các môn học trên cơ sở đó đầu tư học môn chuyên để dự thi học sinh giỏi Quốc gia, Quốc tế. Sau ba năm học, đa số các em đều vào các trường đại học mà mình ưa thích. Một số học sinh được đi học nước ngoài và được cấp học bổng.
Phương pháp đào tạo: Trường THPT Hà Nội – Amsterdam thực hiện các phương pháp đào tạo như sau:
- Tuyển học sinh giỏi đầu vào.
- Giáo viên tập trung trí tuệ, nâng cao chất lượng hiệu quả giảng bài.
- Đổi mới phương pháp dạy, lấy học sinh làm trung tâm.
- Kích thích lòng say mê, ham học hỏi, óc độc lập suy nghĩ của học sinh.
- Kiểm tra thường xuyên, động viên kịp thời, đánh giá đúng năng lực của học sinh.
- Đi đầu hướng dẫn cho học sinh làm thí nghiệm, thực hành với các thiết bị hiện đại.
- Sáng tạo nhiều hình thức dạy học độc đáo như tổ chức CLB tiếng Anh, tiếng Nga, thành lập Công ty học sinh, lớp học quản trị kinh doanh theo giáo trình GLOBE (Mỹ)...
- Đưa học sinh vào học tập tại nhà máy, viện khoa học, bệnh viện.
- Áp dụng nhiều biện pháp quản lý dạy học như: thanh tra dự giờ, thăm lớp, lấy ý kiển của phụ huynh học sinh, Đoàn Thanh niên, ý kiến của phòng phổ thông, vụ, viện... để nâng cao chất lượng giảng dạy.
- Nhà trường chú ý giáo dục đạo đức cho học sinh.
- Nhà trường ghi nhớ câu: “Tiên học lễ, hậu học văn” của cổ nhân và lời dạy của Bác Hồ: “Có tài mà không có đức là người vô dụng” nhằm rèn luyện tư cách và đạo đức học sinh.
- Giáo dục đạo đức thông qua các bài học, đặc biệt ở các môn Giáo dục công dân, Văn học, Sử học... Các bài giảng có nội dung giáo dục về truyền thống cách mạng, dân tộc, lý tưởng, tình yêu thương gia đình, bè bạn, yêu quê hương đất nước.
- Giáo dục đạo đức, truyền thống thông qua các hoạt động ngoại khoá như tổ chức thăm các bảo tàng, di tích lịch sử.
- Vai trò của hội đồng cha mẹ học sinh được đề cao. Nhà trường dẫn đầu về công tác kết hợp giáo dục giữa Nhà trường – Gia đình – Xã hội.
